Yeniçeri ocağının komutanına Yeniçeri Ağası denirdi. Yeniçeri taburlarına orta denirdi. Yılda bir elbise ve üç ayda bir yevmiye hesabı üzerinden ulufe denen maaş alan yeniçeriler, kapıkulu ordusunun en itibarlı birlikleri arasında idi. Padişahın kendiside bir numaralı yeniçeri idi. Kendilerini Ali Osman tahtında oturan padişahın kulları bildiler ve kulluk ile övündüler.
16.asır ortalarına kadar geçici hadiseler istisnai olmak üzere yeniçeriler arasına I. Murat zamanında konmuş olan itaat-ı mutlaka usulü sayesinde disiplin bozulmamıştı. Ayrıca Kanuni’ye kadar padişahların ordularının başında bulunmaları ve en ufak yolsuzluklarına bile göz yummamaları yeniçeri ocağını devrin en modern, düzenli ordusu olarak gösteriyordu.
İstanbul’daki isyanların tamamı kapıkulu ordusu tarafından çıkarılmıştır. Bu isyanların sebebi devlet adamları arasındaki iktidar mücadeleleri ile ekonomik ve mali sebeplerden kaynaklanıyordu. Yeniçerilerin ilk isyanları Fatih zamanına kadar uzanır. Bu isyanın sebebi padişah ile veziriazam arasındaki mücadelesiydi. Fakat genç padişah, bu isyanı bastırdığı gibi, Çandarlı Halil Paşayı bertaraf ettikten sonra kapıkulu ordusunu devleti genişletmek ve merkezileştirmek için müessir bir şekilde kullandı. 15 ve 16.yüzyılda umumiyetle dirayetli padişahlar iş başına geldikleri için yeniçeriler isyan edememişlerdir.