Yeniçeri ocağının çözülmeye başlaması ise III. Murat döneminde başlar. Bu dönemde yeniçeriler arasında evlilerin sayısının arttığı, kışlalarında yatmak yerine evlerinde yattıkları ve askerlik dışı işlerle (ticaret ve esnaflık gibi) uğraştıkları görülmektedir. III. Murat zamanında, akçanın değerinin düşürülmesi üzerine, düşük ayarlı akça ile ulufe almak istemeyen kapıkulu askerleri isyan ettiler ve defterdar ile veziriazamın kellesini istediler. Ayaklanmayı bastırmak için istekleri yerine getirildi. Bundan sonra yeniçeriler, 17.yüzyıl boyunca veziriazamlığa ve hatta padişahlığa istediklerini getirmeye başladılar. Saraydaki çeşitli gruplar arasındaki iktidar mücadelesine alet oldular.
Ayrıca III. Murat ocak kanununa zıt olarak dışarıdan bir takım sanatkarlarında yeniçerilerin arasına girmesine izin verdi. Böylece yeniçeri ocağının çevresi türlü sanat erbabının dükkanları ile doldu. Bu dönemde ocağa para ile yabancılarda girmeye başlamışlardı. Ocağa girebilmek için belirli bir süreyi geçirmeden alınan bu yabancılar, ocaktaki askerleri yavaş yavaş kendilerine uydurup, serkeşliğe sevk ediyorlardı. Herhangi bir sebeple ocaktan çıkarılanlarında sonradan ocağa alınmaları da yeniçerilerin kanunlarına vurulmuş olan önemli bir darbeydi. Kanuni’den sonra padişahların istirahatı sefer zorluğuna tercih etmeleri başkumandanlarını başlarında görmeyen askere ağır geliyordu. Padişahı zorla sefere götüren yeniçeriler ise eski disiplinli yeniçeri ordusu değildi.
Yeniçerilerin çıkardıkları isyanların en korkuncu II. Osman zamanında çıkmıştır. Genç Osman yeniçerilerin Lehistan seferindeki gayretsizliği üzerine Yeniçeri ocağını kaldırarak düzenli bir ordu kurmak ve devlete çeki düzen vermek niyetindeydi. Fakat fikirlerinin duyulması üzerine yeniçeriler isyan ettiler ve bu isyan Genç Osman’ın ölümüyle sonuçlandı. IV. Murat ve IV. Mehmet zamanında da yeniçerilerin isyanlarına tanık olmaktayız.
I. Mahmut zamanında esame denilen maaş kağıtlarının alınıp satılmasına izin verilmesiyle yanlış bir dönem başlamış oldu. Bu durum esnafın açıkgöz ve hali vakti yerinde olanlarının işine yaradı ve esame maaş olmaktan çıktı. Yeniçerilik ise artık askerlik değil; ulufe sahipliği demekti ve yeniçerilik yoksul halk tabakasının bir geçim kaynağı idi.
Yeniçeri ocağına mensup askerlerin bir çoğunun sefere gitmeyip kadıasker, vezir ve devlet görevlilerinin hizmetlerinde bulunup efendilerinin iltimasları sonucu bu askerlerin yevmiyelerine zam yapılması himayesiz olup düşman karşısında siperlerde hizmet eden yeniçerilerin gayretini kırıyordu.
Bu asker azlığı yani ismen mevcut, cismen namevcut askerin azlığı seferlerde yeniden yeniçeri yazmayı gerektiriyordu. Hazine bu yük karşısında maaşları düzenli olarak veremiyor ve gittikçe artan mali bunalımın önüne geçilemiyordu. Yolsuzlukların önüne geçilmek istendiği zaman esame alım satımıyla meşgul olup menfaatlerine zarar gelecek kişilerin tahrikleri kanlı olaylara neden oluyordu. 16.asırın son yarısında düzenli olarak ulufe verilmemesinden dolayı yeniçerilerin esnaflıkla meşgul oldukları görülmekteydi.
1560 yılından sonra İstanbul dışında, sancaklarda da yeniçeri garnizonları kuruldu. Böylece kapıkulu ordusunun nüfuz ve tesiri Anadolu’ya da yayılmış oldu. Dolayısıyla yeniçeriler eyaletlerde merkezi otoritenin ve asayişin sağlanmasında mühim bir fonksiyon ifa etti. Öte yandan yeniçeriler başkentte iktidarı tayin eden en başta gelen unsurdu. Fatih’in ölümünden sonra II. Beyazıt, I.Selim’in ve Yavuz’un tahta çıkmasını sağlamışlardır. Her saltanat değişikliğinde yeniçerilere dağıtılan cülus bahşişi de zamanla yozlaştı ve padişahlarla yeniçeriler arasında adeta bir pazarlık konusu haline geldi. Vergi toplamak ve devlet işlerini yürütmek gibi görevlerle de uğraşmaya ve vergiden muaf oldukları için de ticarete başlamışlardı. Zamanla eyaletlerdeki gelir kaynaklarına da el attılar ve iltizam işleri ile uğraştılar. 17.yüzyılda taşradaki yeniçerilerin zulmünden bıkan halk onlara karşı yer yer isyan etti. Böylece devletin kuruluşu ve gelişmesinde büyük rolü olan kul sistemi zamanla yozlaştı ve devlete hakim olmaya başladı.
17.yüzyıldan itibaren ocağın kanunnamelerinin bir tarafa bırakılıp yerlerine yeni geleneklerin alması yeniçeri ocağını devletin temel dayanağı olmaktan çıkarmıştı. Ocak devlet içindir prensibinin yerini devlet ocak içindir prensibi almıştı. Bundan dolayı da yeniçerilerin desteği alınmadan hiçbir konuda değişiklik yapabilme imkanı kalmamıştı. Ayrıca yeniçerilerin değişiklik yapmak isteyen devlet adamları ve padişahları görevlerinden etmeleri yada onları öldürmeleri ve ya istedikleri her şeyi çıkardıkları isyanlar sonucu devlete kabul ettirmeleri yeniçerilerin devlet yönetiminde ne derece etkili olduğunu göstermektedir.
İstanbul’da zaman zaman meydana gelen isyan hareketlerinde başlıca kuvvet olan yeniçerilerin savaşlarda gösterdikleri korkaklık, itaatsizlik ve gevşeklik ocağın kaldırılmasına kadar devam etmiştir.
Yalnız savaş zamanlarında toplanan bir asker haline gelen yeniçeriler, barış zamanında ise memleketin başına bela oluyorlardı. Artık devlet ocak için değil, adeta ocak devlet için anlayışı hakimdi.
Devşirmeci döneminde saraya bağlı ve kökenleri itibarı ile batıya ve batılılaşmaya yatkın olan yeniçeri ocağı 17.yüzyıldan itibaren devşirmeci sistemin terk edilmesi ile birlikte yerel halkla bütünleşip, sarata karşı ulemanın yanında yer alarak ve genel olarak batı karşıtı, tutucu ve yeniliği reddeden bir örgüt haline geldi. Tüm bunlara rağmen Osmanlı memleketlerine, devlet yönetimine dal budak sarmış olan yeniçeri ocağının düzeltilmesine kimse cesaret edemiyor, yarım yamalak bir takım uygulama, ferman ve emirlerle iş görülecek sanılıyordu. Bir devlette reform yapmak, var olan düzeni değiştirip yerine yenisinin getirmek çok zor bir işti. Bundan dolayıdır ki; reform yapmak isteyen padişahların bu uğurda canlarını kaybettiğini görüyoruz.