Rusçuk Ayanı Alemdar Mustafa Paşa ve yandaşları Kabakçı Mustafa İsyanı sırasında tahttan indirilen Sultan III. Selim'i tekrar tahta geçirmek için bazı görüşmeler yapmaya başladılar. Nihayet 16.000 kişilik bir ordu ile İstanbul'a yürüyen Alemdar Mustafa Paşa, Hacı Ali Ağa'yı İstanbul'a göndererek Kabakçı Mustafa'yı öldürttü (19 Temmuz 1808). Ordusuyla birlikte İstanbul'a gelen Alemdar Mustafa Paşa birçok isyancıyı da öldürdükten sonra Babıali'ye geldi. Arif Efendiyi (Arapzade) şeyhülislam yaptıktan sonra saraya gitti. Sultan IV. Mustafa, Alemdar Mustafa Paşa'nın Sultan III. Selim'i padişah yapmak için geldiğini söyleyen şeyhülislamı kovdu ve kardeşi Şehzade Mahmut ve amcası Sultan III. Selim'in öldürülmesini emretti. Sultan III. Selim hemen öldürüldü. Şehzade Mahmut ise cariyelerin ve hizmetkarlarının yardımıyla sarayın çatısına kaçırıldı. Alemdar Mustafa Paşa, Sultan IV. Mustafa'yı tahtan indirerek yerine Sultan II. Mahmut'u getirdi. Sultan II. Mahmut, kendisinin tahta çıkarılmasını sağlayan Alemdar Mustafa Paşa'yı sadrazam yaptı.
Yeni Padişah, Alemdar Mustafa Paşa'ya geniş yetkiler tanıdı. Sadrazam, ilk iş olarak da Kabakçı ayaklanmasıyla ilgili görülenleri cezalandırdı. Rusçuk ileri gelenlerine önemli görevler verdi. Rumeli ve Anadolu'daki ayanı İstanbul'da toplayarak onlarla Sened-i İttifak'ı yaptı (29 Eylül 1808). Bu belge ile ayanlar, hükumet emirlerini dinleyeceklerine söz veriyorlardı. Nizam-ı Cedid ordusunu Sekban-ı Cedid adıyla yeniden kurdu. Konya'dan çağrılan vezir Kadı Abdurrahman Paşa'yı yeni ordunun başına getirdi. Esame adı verilen yeniçeri ulufe cüzdanlarını, bedellerini ödeyerek satın alıp, imha ettirdi. Alınıp satılabilen bu cüzdanlar sayesinde, askerlikle münasebeti olmayanlar, asker maaşı alabiliyorlardı. Binlerce esame imha ettirdiyse de bu konuda tam bir başarı gösteremedi. Gelişmeleri öfkeyle izleyen IV. Mustafa ve Kapıkulu ocakları mensubu ağalar 14 Kasım 1808 gecesi, Alemdar Mustafa Paşa'nın konağını bastılar. Gelecek yardımı bekleyerek yeniçerilerle kıyasıya çarpışan sadrazam, kubbeyi delmekte olan yeniçerileri görünce patlattığı barut fıçısıyle intihar etti. Bunun üzerine, Rusçuk yaranından Defterdar Tahsin Efendi ile Umur-ı Cihadiye nazırı Behiç Efendi İstanbul'dan kaçtılar; Sadaret kethüdası Mustafa Refik Efendi asiler tarafından parçalandı. Ayaklananlar II. Mahmut'u tahttan indirmek için saraya saldırdılar. Kadı Abdurrahman Paşa Sekban-ı Cedid askeriyle Topkapı Sarayı'nı savundu. Bozguna uğrayan ayaklananların üzerine giden Abdurrahman Paşa, 3000'den fazla yeniçeri ve diğer ayaklananları kılıçtan geçirtti. Bu sırada donanma toplarıyla İstanbul'u ateşe tuttu. Yıkılan binalar ve ölen insanlar karşısında neye uğradığını anlayamayan İstanbul halkı, saldırıyı durdurtan ulema sayesinde can güvenliğine kavuştular. İki taraf da birbirine karşı üstünlük gösteremedi. Bu yüzden Sultan II. Mahmut iktidarını 18 yıl boyunca ince bir denge üzerine kurmak zorunda kaldı. Rusçuk yaranından Ramiz Paşa'yı gizlice Rumeli'ne kaçırtan Sultan II. Mahmut, 18 Kasım 1808 tarihinde Sekban-ı Cedid'i dağıttığını ilan etti. Kadı Abdurrahman Paşa Anadolu'ya kaçtı ama hakkında çıkan ferman gereği idam edildi. Bu olay yeniçeri ocağının kaldırılmasını uzun bir süre geciktirdi.